某天才黑客一手策划了囚犯越狱事件，谁知幕后操纵者镝木彻(中山裕介饰)竟死于非命，尸体更被烧的焦黑。令人难以置信的是，科学搜查班(ST)的实际领导者赤城左门(藤原龙也饰)作为嫌疑人遭到逮捕。审讯过程中，赤城坦然认罪，他指控镝木犯下了不可饶恕的罪行才引来如此杀身之祸。然而罪行的本身是什么？赤城与死者又有怎样的恩怨？这一切始终无法明了。失去了领导者的科学搜查班，此刻面临解散的命运。未过多久，赤城从拘留所中逃脱。警方为了抓住他重新召集了青山翔(志田未来饰)、结城翠(芦名星 饰)、黑崎勇治(漥田正孝 饰)、山吹才藏(三宅弘城饰)等人。怪胎云集的ST班在极其关键的时刻讽刺般地重组，赤城曾经一手率领的最强团队而今变成了最大的敌人。
短暂而又漫长的两天后，百合根友久(冈田将生饰)作为ST的负责人参与到调查中来，不过他自始至终相信赤城是被冤枉的。经过缜密和耐心地调查，百合根终于根据电脑病毒的线索查到了神秘美女堂岛菜绪美(安达佑实饰)，可是早有人捷足先登将菜绪美劫持。百合根被迫与菜绪美的女儿小椿(铃木梨央 饰)联手，持续追查赤城的下落。
在毫无征兆的一天，赤城再度现身，并被警方团团包围。全速奔走的百合根等人能否窥见赤城最真实的一面？而一切迷团背后的真相何时能浮出水面？